Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan HAM DKI Jakarta sebagaimana diatur dalam Peraturan Menteri Hukum dan HAM RI Nomor 30 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia, pertama kali dibentuk pada tahun 1982 dengan nama Kantor Wilayah Departemen Kehakiman DKI Jakarta. Kantor Wilayah Departemen Kehakiman DKI Jakarta. keberadaannya diatur berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehakiman Nomor : M.01.03.PR07.10 Tahun 1982 yang kemudian diperbaharui dengan Surat Keputusan Menteri Kehakiman Nomor: M-03.PR-07.10 Tahun 1992.
Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan HAM DKI Jakarta pada saat itu meliputi wilayah Tangerang dengan Unit Pelaksana Teknis (UPT) terdiri dari Lembaga Pemasyarakatan (LAPAS) Balai Pemasyarakatan (BAPAS) dan Rumah Tahanan (RUTAN). Kemudian untuk Unit Pelaksana Teknis (UPT) Wilayah Tangerang diserahkan kepada Kantor Wilayah Jawa Barat dan kemudian dibentuk pula Rumah Penyimpanan Benda Sitaan Negara (RUPBASAN) yang dibentuk berdasarkan Surat Keputusan Menteri Kehakiman dan HAM RI Nomor: A.325.KP.04.04 Tahun 2001 tanggal 1 Maret 2001.
Kepala Kantor Wilayah dalam menjalankan tugas dan fungsi dibantu oleh para koordinator yaitu Koordinator Administrasi, Koordinator Pemasyarakatan dan Koordinator Keimigrasian. Pada saat ini berdasarkan Peraturan Menteri Hukum dan HAM RI Nomor: M.01.PR.07.10 Tahun 2005 tentang Organisasi Dan Tata Kerja Kantor Wilayah Departemen Hukum dan HAM istilah Koordinator dirubah menjadi Divisi masing-masing divisi dipimpin oleh seorang Kepala Divisi. Divisi-divisi tersebut terdiri dari:
- Divisi Administrasi, yang mempunyai tugas membantu Kepala Kantor Wilayah dalam melaksanakan pembinaan teknis di wilayah berdasarkan peraturan perundang- undangan yang berlaku dan sesuai dengan kebijakan yang ditetapkan oleh Sekretaris Jenderal;
- Divisi Pemasyarakatan, yang bertugas membantu Kepala Kantor Wilayah dalam melaksanakan sebagian tugas Kantor Wilayah di bidang Pemasyarakatan berdasarkan kebijakan teknis yang ditetapkan oleh Direktur Jenderal Pemasyarakatan;
- Divisi Keimigrasian, yang bertugas membantu Kepala Kantor Wilayah dalam melaksanakan sebagian tugas Kantor Wilayah di bidang keimigrasian berdasarkan kebijakan yang ditetapkan oleh Direktur Jenderal Imigrasi;
- Divisi Pelayanan Hukum dan HAM, yang bertugas membantu Kepala Kantor Wilayah dalam melaksanakan sebagian tugas Kantor Wilayah di bidang Pelayanan Hukum dan HAM berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.
Kantor Wilayah Kementerian Hukum dan HAM DKI Jakarta saat ini membawahi sebanyak 27 (dua puluh tujuh) Unit Pelaksana Teknis yang terdiri dari 4 (empat) Lembaga Pemasyarakatan (LAPAS), 3 (tiga) Rumah Tahanan (RUTAN), 1 (satu) Lembaga Pembinaan Khusus Anak, 4 (empat) Balai Pemasyarakatan (BAPAS), 5 (lima) Rumah Penyimpanan Benda Sitaan Negara (RUPBASAN), 7 (tujuh) Kantor Imigrasi (KANIM), 1 (satu) Rumah Detensi Imigrasi (RUDENIM), 1 (satu) Balai Harta Peninggalan (BHP) Jakarta dan 1 (satu) Rumah Sakit.